O problema acabou sendo a própria montagem. O usuário que chamou o RSync por meio do cron não era o proprietário do ponto de montagem e, portanto, não podia alterar as permissões / proprietário dos diretórios. Isso criou a situação em que o usuário criou pastas que não puderam ler.
A solução foi adicionar --super ao comando e incluir o usuário no grupo sudo (e reiniciar)