O que eu faria:
$ sudo su
chown -R root:root /etc
find /etc -type f -exec chmod 644 {} +
find /etc -type d -exec chmod 755 {} +
chmod 755 /etc/init.d/* /etc/rc.local /etc/network/* /etc/cron.*/*
chmod 400 /etc/ssh/ssh*key
Talvez não seja suficiente, mas sem qualquer backup, é um bom começo.