kstart --iconify <program name>
no KDE é iniciado minimizado. Eu realmente não sei se existe um comando específico para fechar o systray (mesmo porque muitos aplicativos não possuem um systray).
Outra possibilidade é usar ksystray
. Por exemplo, ksystraycmd --hidden kmail
iniciará o kmail e o colocará na bandeja do sistema. Mas não tenho certeza se isso funcionará para qualquer aplicativo.
Se não, provavelmente você precisa verificar se há uma opção específica para o seu aplicativo.
Você pode encontrar mais informações aqui .
EDIT: mais informações aqui também