HTML é um linguagem de marcação , que é interpretada por um navegador da web . Não existe compilação de HTML.
JavaScript é uma linguagem de programação dinâmica executada em tempo de execução por um mecanismo JavaScript . Isso significa que o JavaScript não é compilado.
Como você mencionou JavaScript e HTML, leia isto: Uso de JavaScript em páginas da Web .
O principal uso do JavaScript é escrever funções incorporadas ou incluídas em páginas HTML e que interajam com o Document Object Model (DOM) da página.
Eu realmente não entendo o que você está tentando fazer, mas supondo que você tenha alguns arquivos .js e .html, basta abrir os html com seu navegador, assim:
firefox your_stuff.html