O método usado para definir permissões varia de acordo com o sistema de arquivos.
Para permissões do linux, é chown / chmod, mas acredito que você esteja perguntando sobre o ntfs.
Para ntfs, edite a linha apropriada em /etc/fstab
add na opção permissions
UUID=12102C02102CEB83 /media/windows ntfs-3g auto,users,permissions 0 0
Mude seu UUID para sua partição NTFS, você pode listá-lo com
sudo blkid
Você então monta novamente a partição e usa chown e chmod
sudo chown your_user:your_user /media/windows
sudo chmod 770 /media/windows
Se você quiser uma ferramenta gráfica, use o PySDM
sudo apt-get install pysdm
Veja também Permissões do Arquivo Wiki do Ubuntu