Eu tentei as duas opções e, de fato, às vezes, o PCI parece oferecer melhor desempenho.
Mesmo se supostamente qualquer uma das versões fornecesse a mesma largura de banda máxima (54 Mbps para 802.11be ~ 540 com 802.11n), minha experiência é que o USB às vezes fica lento e nunca atinge a velocidade máxima da sua Internet. Eu tentei com uma conexão de 20 Mbps, e às vezes o USB não me dava mais do que 10 Mb, enquanto o PCI sempre me dava a velocidade máxima. (Talvez tenha sido apenas que o adaptador USB não tenha sido de melhor qualidade)
Obviamente, a velocidade também depende da qualidade do sinal, da proximidade do roteador e da qualidade dos próprios adaptadores. mas ainda assim minha opinião é que, a menos que você tenha uma strong razão para preferir USB, escolha PCI.