Duas coisas a serem consideradas. Primeiro, o fato de você estar usando duas frequências diferentes só é relevante se você tiver configurado a rede de forma que 2.4GHz seja uma rede e 5GHz seja outra rede. Caso contrário, o fato de você estar usando duas freqüências diferentes é como ter uma conexão a cabo e uma conexão WiFi. Redes cabeadas e sem fio ainda podem ver uma a outra se estiverem na mesma rede LÓGICA.
Em segundo lugar, o iTunes usa o Bonjour (assim como a função de alto-falante no AirPort Express). A única vez que você vai correr nestes dispositivos não poder ver uns aos outros é se eles estão em uma rede lógica separada (VLAN, VPN, roteada, etc ...). APENAS estando em duas frequências diferentes no WiFi, NÃO as coloca em uma rede lógica separada.