A opção Usar a fonte de largura fixa do sistema é geralmente igual e definida por org.gnome.desktop.interface .
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Para obter a configuração atual da fonte, execute o seguinte comando:
gsettings get org.gnome.desktop.interface monospace-font-name -
Para definir / alterar a configuração, execute o seguinte comando (aqui exemplo de aumentar tamanho):
gsettings set org.gnome.desktop.interface monospace-font-name 'Ubuntu Mono 14'
Enquanto executo o comando acima, encontrei a fonte do seu terminal alterada (tamanho aumentado)! Então, gnome-terminal usando essa configuração de fonte.