Acabei de ter o mesmo problema com o Hyper-V sendo capaz de hospedar sistemas de 64 bits, enquanto que na mesma máquina o VirtualBox não estava. A questão é que o serviço Hyper-V ocupa o VT-X logo após a inicialização, portanto, nenhum outro serviço (como o VirtualBox) pode reivindicá-lo.
A única maneira que encontrei para resolver o problema foi removendo completamente todo o recurso do Hyper-V através das configurações do recurso do Windows, reinicializando. Depois disso, o VirtualBox conseguiu hospedar sistemas de 64 bits.
Veja veja esta resposta sobre como ativar e desativar o Hyper-V, sem ter que remover o recurso completamente.