O FFmpeg agora tem a capacidade de concatenar arquivos internamente, você pode ter mais sorte com isso. Funciona da seguinte forma:
ffmpeg -i "concat:inter1.mpeg\|inter2.mpeg\|inter3.mpeg" -c copy interALL.mpeg
Se isso não funcionar, talvez seja necessário remá-los primeiro para os arquivos de fluxo de transporte mpeg:
for f in inter*.mpeg; do ffmpeg -i "$f" -c copy -f mpegts "${f/%mpeg/ts}"; done