De acordo com esta postagem , versões recentes do notepad ++ podem lidar com expressões regulares de várias linhas. Então, se você tem a opção:
[ ] . matches newline
selecione-o e experimente este regex:
<script.*?/script>
Faça backup dos seus arquivos antes de fazer isso, não uso o notepad ++ (prefiro a coisa gloriosa que são regexes em Perl ou emacs :)), portanto não posso testá-lo.