Tente criar um script com seus comandos e executar o script a partir da entrada de início automático:
#!/bin/sh
sleep 3s
cd /home/user/programdir/lpfw
gksudo ./lpfwpygui
Você também deve tentar dormir por mais tempo, 3s pode não ser suficiente para o Desktop Desktop concluir o carregamento e isso pode causar problemas, já que você está usando o gksudo.