Como uma sugestão (solução alternativa), use XCOPY e um arquivo em lote (ou através do prompt de comando), pois ele possui comandos que permitem incluir arquivos ocultos (excluídos por padrão). Se você está fazendo isso muitas vezes, significa que você pode salvar o arquivo, mas se os diretórios estão mudando constantemente, isso pode ser muito trabalhoso para o que vale a pena.
De qualquer forma, /H
como parte do XCopy copiará arquivos e pastas ocultos e do sistema. O padrão é /N
Então,
xcopy "folderSourcePath" "folderDestinationPath" /N
Embora eu ache que você pode deixar o N como está implícito. O código acima deve copiar todos os arquivos / pastas não ocultos.