Problema estranho. Eu tenho um enorme aplicativo baseado em Eclipse que freqüentemente gera cópia de si mesmo. Em cada lançamento de cópia há lags de mouse e som, a resposta geral de um sistema é terrível por 5-10 segundos. Não existe tal coisa com outros aplicativos, não importa nativo, Java ou .NET, mas cada aplicativo baseado no Eclipse que eu tentei dá esse efeito.
A máquina está um pouco desatualizada (E8400, 4 GB, 9800 GTX +), mas lida com tudo que eu preciso muito rápido, exceto o Eclipse, até meu laptop que é muito mais lento no geral lida bem com ele. Não há saturação notável no uso da CPU, disco ou memória.
O que posso fazer com isso, pessoal?
Feche todos os aplicativos indesejados e libere um pouco de memória, reduza alguns efeitos visuais também. Isso pode liberar recursos e pode dar um leve aumento de velocidade.