Se você tiver acesso SSH ao servidor da Web, poderá fazer login (usando uma ferramenta como PuTTY se você estiver no Windows) e copiar remotamente os arquivos via HTTP, usando uma ferramenta como wget ou curl.
Um script PHP também pode realizar isso (é apenas fazer o download por HTTP e salvar no sistema de arquivos local), mas uma ferramenta de linha de comando provavelmente será mais rápida e fácil.