as soon as I plug in the auxillary 2x2 pin on the MOBO it shorts out.
Isso sugere strongmente que o circuito de regulação / condicionamento de energia para a CPU (é para isso que o conector auxiliar serve) é "queimado". O mesmo circuito pode também ser usado para regular / rotear a energia USB, o que pode ter causado o problema.
Espero que suas placas de CPU / RAM / add-in estejam OK (como PSUs, tais circuitos são normalmente projetados para se sacrificar antes de permitir que uma curto, sobrecorrente, etc. afete os dispositivos a jusante.
Infelizmente, sim, você precisa de uma nova placa-mãe. (ou se estiver na garantia, conserte essa placa - é um defeito de fabricação - eu tive um short USB acontecendo inúmeras vezes ao fazer embutido desenvolvimento de dispositivos e enquanto a porta pode ser desligada, em uma placa-mãe bem projetada, uma reinicialização a frio normalmente trará o backup de volta)