Se o Windows foi instalado após as partições foram feitas, então elas devem funcionar bem.
No entanto, a partir de sua descrição, parece que o Windows foi instalado na partição única que foi encolhida e copiada para as duas novas partições.
Nesse caso, todas as três cópias do Windows serão definidas para usar C: e, portanto, todas elas usarão a mesma cópia do registro e dos arquivos do Windows. O que você precisa fazer é reinstalar o Windows nas outras duas partições, especificando as outras letras de unidade, por exemplo, D: e E: . (Teoricamente você poderia editar o registro e os arquivos das outras duas cópias para substituir todas as ocorrências de C: , mas isso seria muito mais trabalho do que apenas reinstalar, e mesmo assim, não garantido para o trabalho.)
Como observação, isso é um problema porque você está usando o Windows XP. Com o Vista e superior, o Windows sempre usa C: como a unidade do sistema, mesmo que não seja a primeira partição. É por isso que se você fizer o boot dual do XP e o 7, ambas as cópias usarão C: sem sobreposição.