Mais ou menos - cacau é a API moderna para aplicativos mais recentes e, pelo menos, com as versões mais recentes de OS X, o preferido.
Carbon é uma API legada, usada nos sistemas operacionais 8 e 9 e é depreciada com o próximo sistema operacional X 10.8 Leão da montanha. Algumas aplicações para o OS X continuaram usando a API de carbono até recentemente - a wikipedia afirma que versões mais antigas do photoshop, itunes e final cut foram codificadas com carbono, embora as versões modernas sejam baseadas em cacau.
Como desenvolvedor, você deve usar o cacau sobre o carbono, já que o cacau suporta 64 bits e não é obsoleto. Neste caso, escolher o cacau sobre o carbono é uma boa ideia.
Como usuário, isso deve ser transparente para você, mas você estaria usando a API que seu software usa, supondo que seja compatível.
Acredito que, no entanto, a compilação deve funcionar.