De algumas maneiras indiretas, sim.
Por um lado, eles podem monitorar os sites que você visita e os endereços que você consulta. Algumas aplicações são muito específicas - World of Warcraft, por exemplo, consulta um conjunto específico de endereços (são servidores), portanto, a partir do conhecimento dos IPs que você visita, alguns aplicativos podem ser revelados.
Outra possibilidade é que eles poderiam explorar qualquer um dos seus aplicativos habilitados para internet e inserir seu próprio código, mas isso é tão pouco provável que não vale a pena pensar.
Por fim, o administrador pode ver as páginas visitadas e deduzir logicamente os programas que você instalou de seus hábitos de pesquisa.
No entanto, tudo se resume a uma condição simples: se o seu aplicativo usa a Internet de alguma forma, provavelmente é possível deduzir que você o está usando. Se o seu aplicativo estiver off-line ou no modo offline, não há absolutamente nenhuma maneira (além da pequena chance de um recurso de compartilhamento explorável em um dos seus aplicativos).