Até onde eu sei, o JavaFX ainda não é uma parte obrigatória do JRE, apesar de ser empacotado com eles, e portanto deve ser desinstalável.
A partir do Java 8, no entanto, o JavaFX se tornará parte do JRE / JDK, e será necessário ter uma instalação compatível. A intenção é que o JavaFX substitua a biblioteca de janelas Swing que existe atualmente no JRE.