O principal problema será a resolução do nome. O Windows faz isso em vários níveis e com várias tecnologias. ActiveDirectory faz isso em geral com o DNS (também o WINS pode ser usado, mas não é mais centrado). No DNS, só pode ser usado um nome para uma máquina (no mesmo nível).
No entanto, o diretório ativo em seu núcleo usa um guia para identificar exclusivamente um computador - não o nome do computador. Isso explica por que você pode ter dois computadores com o mesmo nome no mesmo domínio. Mas tenho certeza de que muitas funcionalidades não funcionam corretamente. Só que parece que ninguém percebeu isso. É realmente uma configuração inválida ou corrompida e, normalmente, o AD não permite que você faça isso.
Eu recomendaria postar uma pergunta no StackOverflow sobre como gerenciar suas configurações do Biztalk corretamente. Tentar ter mais de um servidor com o mesmo nome no mesmo domínio provavelmente não é uma boa estratégia. Manter configurações codificadas no código também não é muito recomendável.
(suponho que você não esteja usando nenhum clustering ou balanceamento de carga)