Você precisará modificar o driver do Windows para a placa de som para inibir a reinicialização do hardware de áudio antes de descarregar.
Eu tenho um laptop Asus e, quando ele é inicializado (mas antes do bootloader), ele faz um som.
Quando tenho fones de ouvido plugados no conector e desliguei do ubuntu, o som vai para os fones de ouvido. Se eu tivesse acabado de desligar do Windows, o som vai para os alto-falantes.
O que dá? Se possível, gostaria que o som fosse sempre para os fones de ouvido.