O ~/.bash_profile é lido apenas na sessão de login.
Além disso, ter um ~/.bash_profile impede o fornecimento de ~/.profile , que é o arquivo preferencial a ser usado para o shell de login na configuração bash do Ubuntu.
Quando você efetua login no Display Manager (suponho GDM), o ~/.profile é lido por padrão (não sei se o GDM segue as regras bash e leio ~/.bash_profile , se existir).
Mesmo se ~/.bash_profile foram lidos do GDM, os aliases não são herdados, então
o shell que você tem em um terminal gráfico (que não é um shell de login) não pode vê-los.
A solução é: coloque seus aliases em ~/.bashrc e use aliases apenas para coisas muito simples, caso contrário use funções.
O arquivo ~/.bashrc é lido por shells interativos que não são de login e é originado em ~/.profile , de modo que seu conteúdo também está disponível em shells de login.