Inicialize com o Ubuntu, monte a partição do Windows e localize onde o arquivo está localizado. (O Ubuntu deve fazer isso automaticamente ou pelo menos mostrar um ícone ou uma opção no gerenciador de arquivos para montar a partição).
Como observado em um comentário:
Click on Computer on the Ubuntu desktop, and you will see icons for the hard drive, the optical drive, and most likely filesystem (The LiveCD in RAM). Click on the hard drive. That will mount it. You will then be able to browse through the files.
Então você pode colocar o novo arquivo no lugar.