Você já pensou em usar uma conexão ODBC para vincular os dois conjuntos de dados?
resultados da Google para ODBC e Excel
Se o seu ambiente de trabalho nativo for o banco de dados e você puder trabalhar na automação da entrada desses novos campos de dados, poderá usar consultas simples para selecionar os dados (novos) sem correspondência e trabalhar a partir daí. É uma pena que você não possa simplesmente retirar o primeiro banco de dados do seu, ou ter o primeiro conjunto de exportações de dados simplesmente exportando um CSV de dados novos ou alterados.
Em ambos os lados, você pode anexar os novos dados e compará-los aos existentes (com consultas no Access ou em uma Tabela Dinâmica no Excel). Se você criar uma nova coluna / campo para atuar como um sinalizador booleano simples, poderá diferenciar os conjuntos de dados e mesclá-los na mesma tabela / documento. Como alternativa, aplique um código para importações semanais (ou qualquer outro período) para que você possa usar esse campo "sinalizador" para futuras consultas.
A tabela dinâmica seria meu primeiro ponto de escala, já que você pode trabalhar mais rápido no estágio de escopo do que com as consultas ao banco de dados, e pode visualizar seus requisitos de relatório / comparação na única exibição.
Se você puder "lavar" seus dados para torná-los anônimos, publique alguns exemplos de soluções mais específicas.