A extensão de certificado de uso de chave, apenas define para que o certificado é usado. Eu duvido que este é o erro, eu prefiro pensar que o erro significa que você está perdendo um certificado mais na cadeia, possivelmente até mesmo um certificado CA Tusted Root. Mude para o separador do caminho de certificação e carregue uma captura de ecrã:)
Edit: Você foi levado em uma perseguição selvagem, parece que o que você está tentando requer auto-assinado os arquivos exe, você pode ler sobre isso no MSDN: Etapa 8: Assinatura Authenticode (UAC)