O texto pode ser armazenado de diferentes maneiras, a codificação do texto define como os bytes do arquivo devem ser interpretados pelo editor de texto que está lendo o arquivo. Para arquivos de texto simples, não há como armazenar informações meta sobre codificação, então o editor de texto escolhe sua configuração padrão.
No Windows, a maioria dos arquivos é armazenada e lida como ANSI , se você tiver um arquivo armazenado como UTF-8 , com ou sem marca de ordem de byte (BOM), isso atrapalha a formatação (vice-versa). Além disso, o MacOS, o Linux e o Windows usam estilos diferentes de quebras de linha, mas eles geralmente só mexem com parágrafos e não adicionam caracteres engraçados.
Eu recomendaria a obtenção de um editor de texto como o notepad ++ (para windows), que facilita a troca de codificação.