Você tem duas opções aqui:
- Você pode executá-lo como uma máquina virtual, inicializando-o diretamente da partição. Há muitos guias por aí, por exemplo: link
- Além disso, você pode importar seus arquivos do registro e do espaço do usuário das janelas para o WINE no Linux e tentar executar o aplicativo a partir da partição.
Mas ambos são muito arriscados, no caso do primeiro, você pode arruinar a instalação do Windows facilmente. O segundo pode arruinar o aplicativo e suas configurações.
Por isso, sugiro que você instale o aplicativo no Linux usando o WINE. Seria a maneira mais segura e conveniente de fazer isso.