Estou rodando o Fedora 16 de 64 bits, minha placa de vídeo é uma Nvidia GTS 250.
O desempenho do Adobe Flash é fraco se comparado ao Windows, e a decodificação de vídeo acelerada por GPU não parece estar funcionando totalmente (funcionou no Windows).
Estou usando o Google Chrome e, por incrível que pareça, o flash apresenta um desempenho (ligeiramente) melhor no Firefox.
Eu tenho os drivers proprietários da Nvidia instalados (versão 290.10) e as bibliotecas VDPAU e VA instaladas.
Além disso, estou executando o Gnome 3 e notei uma séria degradação no desempenho do Gnome Shell, desde a mudança para os drivers proprietários da Nouveau.
Você pode descarregar um vídeo em HD mp4 usando algum downloader do YouTube e verificar o que o mplayer diz ao tocá-lo? (Se o VDPAU / VA / GLX / Xv estiver acelerado ou não, etc.)
Você tem os respectivos pacotes XV de 32 bits também instalados? Alguns plugins podem precisar deles (há 64bit Flash, mas você pode ter 32bit um instalado em algum lugar).
Descubra se o seu Flash Player é amd64 ou i386 (leva algum tempo):
find / -name libflashplayer.so 2>/dev/null | xargs file