Acabou de encontrar isto , de acordo com Kristof:
include / config não é usado para arquivos de cabeçalho. Faz parte de um truque inteligente para otimizar a compilação do kernel.
A configuração do kernel (armazenada em .config) é usada para gerar arquivo de cabeçalho que é usado em todo o kernel. O problema é que mudar uma opção significa todos os arquivos que incluem config.h precisará ser recriado, mesmo que a maioria deles não seja afetada por essa opção.
Isso é resolvido removendo a dependência makefile no config.h e substituindo-o por uma dependência em um dos arquivos em include / config. Cada arquivo ali corresponde a uma opção de configuração. Sempre que opção é alterada o sistema de configuração toca esse arquivo (atualizando seu timestamp fazendo com que o make reconstrua todos os arquivos dependentes.