Os links simbólicos provavelmente funcionam bem, no entanto, quando você instala um aplicativo, apenas parte dele reside em Arquivos de Programas.
Pode haver algumas partes que acabam no c: \ windows heiarachy, como arquivos dll.
Também haverá partes que residem na sua pasta de perfil - c: \ Users \. Você provavelmente encontrará uma quantidade significativa de espaço na sua pasta de usuário.
Uma coisa que você pode fazer é mover toda a sua pasta de usuário para a unidade mais lenta, e ligá-la novamente em c: \ users. Você precisará fazer login como um usuário diferente para fazer isso.