A causa disso é que o Chrome sincroniza o arquivo de preferências com uma Conta do Google on-line. Para evitar a sincronização do arquivo de preferências na inicialização, use o seguinte comando:
google-chrome --disable-sync-preferences
Se essa opção for removida no futuro, uma alternativa seria desativar totalmente a sincronização por meio da interface do usuário ou por meio da opção "--disable-sync". Eu descobri essas opções na página de referência do engenheiro do Google Chrome Peter Beverloo: