Para esclarecer, verifique se o disco rígido está definido com uma prioridade mais alta do que a unidade USB na sua ordem de inicialização. Faça isso ou certifique-se de que nenhum dispositivo USB inicializável esteja conectado ao computador durante a inicialização, para que o disco rígido seja observado.
Depois disso, edite a entrada padrão do seu arquivo boot.ini para ler:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows" /noexecute=optin /fastdetect
O acima depende inteiramente da sua configuração de hardware, bem como da configuração da partição lógica. Você provavelmente está usando o rdisk (0) para o seu disco rígido interno. Também é provável que o SO esteja na partição (1). É só uma questão de incrementar o rdisk até encontrar o ponto no controlador de disco rígido que tem o disco rígido em questão.
Para obter mais informações sobre os caminhos ARC no arquivo boot.ini, consulte Microsoft KB102873 .