Você sempre pode criar um túnel SSH e conectar o Synergy por meio dele. Não é exatamente rápido, mas geralmente utilizável.
Foi descrito na antiga FAQ: link
Btw: Você também pode usar a sinergia "desprotegida" em uma WAN; ela funciona se não houver firewalls bloqueando você. Em qualquer caso (também com SSH), é claro que você precisaria de IPs estáticos ou algo como dyndns se não quiser alterar o ip para se conectar manualmente.