Estou assumindo que você está falando sobre: cmd, rxvt, mintty e xterm.
Se for esse o caso, então:
- cmd - é o terminal de linha de comando interno do Windows
- xterm - o terminal padrão para o X windows
- rxvt - uma alternativa ao xterm que é projetado para ser mais leve
- mintty - um programa de terminal apenas Cygwin / MingW baseado em Putty
Eu diria que o mintty é o melhor emulador de terminal (nativo) que vem com o cygwin.