Eu tive o problema semelhante, mas depois de alguns problemas, descobri que era porque usando fontes personalizadas, tente CTRL + A e mude todas as fontes para algo como "Arial". Se você tivesse cabeçalho e rodapé, não se esqueça de alterar essa fonte também. De alguma forma, o conversor de PDF não é capaz de converter se as fontes não forem padrão da Microsoft.