Se (digamos) os setores fizerem parte do catálogo B-tree de um sistema de arquivos HFS Plus no OS X, e se as substituições estiverem 'distantes' de uma B-tree optimamente localizada e de outra forma contígua, então possível que:
- a leitura frequente nas distâncias contribui para a lentidão.
(Em uma unidade de disco rígido sem setores defeituosos, um catálogo contíguo da árvore B pode ter um efeito positivo significativo no desempenho.)
Desfocagem do HFS Plus: comentários sob a pergunta são valiosos. Então faça backup regularmente e considere a substituição da unidade - antes que os problemas piorem.
Entenda que, em um caso de borda, a realocação pode causar perda de dados…
Leitura sugerida
A documentação do SpinRite (versão 5) foi vinculada por meio de uma resposta (para um Mac questão orientada).