O verdadeiro suporte a vários monitores no Windows RDP só é funcional se a máquina de destino da sessão estiver executando o Windows 7 Ultimate ou Enterprise.
EDIT: Aparentemente, a partir da troca nos comentários, isso realmente não funciona. Você pode trabalhar no modo de monitor único ou no modo de monitor múltiplo, mas se você fizer o último, precisará usar TODOS os monitores, não poderá desativá-los seletivamente. Alguém conhece uma solução alternativa?