Diferentes sistemas operacionais podem ter ferramentas totalmente diferentes
Sed (existe no * nix, portado para o Win, não sabe nada sobre o OSX)
Do exemplo
# substitute (find and replace) "foo" with "bar" on each line
sed 's/foo/bar/' # replaces only 1st instance in a line
i.e. smth. como
sed 's/4/40/' 2.txt > 2e.txt
...
sed 's/4/40/' 4.txt > 4e.txt
ou
sed 's/4/40/' 2.txt 3.txt 4.txt> common.txt
e dividir o common.txt mesclado após
diff (veja acima)
Prepare duas versões intermediárias do 1.txt
1a será
Hi, my name is Joe.
1
2
3
4
1b será
Hi, my name is Ted.
1
2
3
40
Prepare patches
diff -U 0 1.txt 1a.txt > fix1.patch
diff -U 0 1.txt 1b.txt > fix2.patch
Aplicar patches
patch -u -b 2.txt fix1.patch
...
patch -u -b 3.txt fix2.patch
Os resultados dos comandos da cabeça não foram testados
script awk (veja acima)
GrepWin (somente Windows)
Escreva o padrão de substituição de pesquisa (regexps suportado), teste, armazene em predefinições