DNSMasq obtém seus servidores upstream de /etc/resolv.conf por padrão - você deseja verificar se esses arquivos estão corretos. Não deve apontar para localhost.
Se você realmente quiser que as consultas DNS no servidor passem pelo DNSMasq, leia a manpage sobre como usar a opção --resolv-file para fornecer os endereços de servidor upstream.