Só para esclarecer, o WINE não é realmente usado para instalar o Windows. Você não precisa de uma instalação do Windows para usar os programas WINE e Windows no WINE. Pode ser considerado uma camada de compatibilidade independente para programas do Windows.
Se por algum motivo o WINE não fizer o que você precisa, e você precisa instalar o Windows, o Virtualbox é absolutamente a melhor opção para você. O Windows será completamente separado do Ubuntu, por isso, mesmo se você pegar um vírus ou outra ameaça enquanto estiver executando o Windows, ele não terá nenhum impacto na sua instalação do Ubuntu.
Além disso, tecnicamente falando, é muito difícil que o malware do Windows funcione sob o WINE, mas, sob certas circunstâncias, isso pode ser possível.