Why wouldn't the hard drives be turned off at the same time the laptop goes to sleep?
Eles estão, você está correto. O que você está ficando preso, porém, é que os discos rígidos podem ser desligados ANTES de o computador entrar no modo de suspensão. Eles não precisam estar constantemente girando para a máquina operar. Essa é a razão para um temporizador separado; se você quiser que eles desaceleram, mas ainda tem a máquina funcionando. (Atualmente, não há muitos cenários em que você possa ir por períodos prolongados sem acessar uma unidade, mas eles existem.)
Minha recomendação pessoal é configurar suas unidades para que elas nunca sejam desligadas a menos que a máquina esteja adormecida (altere essa configuração para 0 minutos, que é registrada como 'Nunca'), mas minha recomendação pessoal é nunca dormir na sua máquina. Eu talvez possa ser tendencioso. Computadores modernos não consomem muito menos energia durante o sono do que ociosos - contanto que o MONITOR (s) esteja dormindo, provavelmente você está bem. (Obviamente, se você usa um laptop com muita bateria, você pode querer ignorar este conselho para operação com bateria.)
EDIT: Leia os comentários para um pouco mais de discussão sobre isso, parece que eu poderia ter formulado isso melhor.