Na maior parte, não. Com um entroncamento, poucos programas saberão a diferença. Embora existam chamadas de API para verificar se um arquivo / pasta é um link físico, poucos programas o chamam explicitamente. Eu uso isso nos primeiros dias do Vista, já que eu uso tantos softwares mal escritos que me cansei dos prompts do UAC e acabei removendo esses aplicativos dos Arquivos de Programas.
Mas, pessoalmente, eu mesmo não fiz isso, embora tenha ouvido falar de outras pessoas fazendo isso com muito sucesso. O Visual Studios é o único que eu ficaria de olho porque quem sabe o que os desenvolvedores loucos de software no DevDiv da Microsoft são capazes de fazer:)
Em geral, um aplicativo não saberá a diferença entre um symlink / hardlink / junction, a menos que ele o verifique explicitamente com as chamadas de API. Essas chamadas de APIs são principalmente para programas que examinam recursivamente uma árvore de pastas, para impedir que elas caiam em um loop infinito devido à vinculação com o pai de uma pasta.