Tem a ver com a resolução de um documento digitalizado e o tamanho em que ele é exibido na tela. Por exemplo, uma resolução comum para digitalizar documentos é de 300 DPI (pontos por polegada), portanto, se você tivesse esse documento em seu computador e quisesse visualizá-lo em sua resolução original, selecionaria 300 DPI.
Como você descobriu, tudo o que realmente faz é mudar o nível de zoom, mas para algumas pessoas (especialmente aquelas que trabalham com digitalização ou impressão) ele pode ser uma ferramenta importante para julgar o que uma cópia física de algo parecerá gostar. Há mais do que isso, mas é a ideia principal.
Para a maioria das pessoas, no entanto, não é particularmente útil e, a menos que você esteja fazendo mais do que apenas visualizar PDFs, provavelmente não precisa se preocupar com isso.