Eu tenho o Growl 2.0.6 em execução, e parece estar capturando M-x. Eu decidi começar a matar os aplicativos em execução, um por um, e o Growl parando deu certo - eu nem preciso reiniciar o Cygwin / emacs.
Veja, por exemplo, o tópico de comentários anexado à resposta da questão 1598854 . Há um arquivo em um local como %LOCALAPPDATA%\Growl.0.0.0\user.config
, que tem uma configuração:
<setting name="KeyboardShortcutCloseLast" serializeAs="String">
<value>Alt+X</value>
</setting>
Uma vez que este é movido para longe do Alt-X (preferencialmente para algo com mais de um modificador ou muito incomum), tudo funciona conforme o esperado. Parece que foi feita uma alteração no registro de hotkeys para que o Growl não possa mais passar a chave, e isso ainda não foi corrigido.