Timemachine faz exatamente o que você quer, você já tentou isso? Concedido, por padrão, ele faz backup de tudo (o que não é necessariamente uma má idéia), mas você pode desabilitar isso por diretório.
Então, com a nova arquitetura filevault com o OS X Lion, fiquei me perguntando se existe uma maneira fácil de fazer o backup de uma pasta inicial criptografada. Anterior a 10.7, foi bastante fácil; Eu poderia logar como meu usuário de backup e simplesmente arrastar o arquivo .sparseimage da minha pasta pessoal diretamente para o meu disco rígido externo. Mas o que me preocupa agora é que a Filevault está criptografando todo o disco rígido que infelizmente não consigo suportar no meu externo. Alguém já lutou contra isso ainda?
Para uso com o SuperDuper! Eu criei uma imagem de pacote esparso criptografada (simplesmente via Utilitário de Disco) no meu NAS. Funciona como um encanto.