Primeiro, verifique se você tem uma quebra de seção no final de cada capítulo. Pode não estar funcionando em alguns capítulos porque não há quebra de seção.
Em seguida, a opção Primeira página diferente deve funcionar. Se você precisar de mais flexibilidade para um determinado capítulo, desmarque Link to Previous para esse capítulo e os cabeçalhos nesse capítulo não afetarão ou serão afetados pelos capítulos anteriores.
