Você pode tentar p7zip , a porta de linha de comando Unix da ferramenta de arquivamento popular 7-zip . Pode ter o recurso que você está pedindo, mas eu não sei qual seria exatamente o comando.
Se bem entendi, você pode sempre tentar extrair o arquivo e fazer:
cd archivename
mv * ..
rm -f archivename
Isso deve mover todos os arquivos de dentro da pasta para o diretório acima e, em seguida, excluir a pasta original.