Sim - o instalador da GUI perguntará se você deseja particionar, qual partição de disco deseja instalar e onde deseja instalar o gerenciador de inicialização. Não me lembro se o instalador da CLI faz todos os três, mas ele definitivamente perguntará para qual partição instalar.
Só por segurança, eu recomendo que você faça um duplo rastreamento das notas de lançamento, por erros, mas deve funcionar, e avisar você antes de fazer qualquer coisa