chdir
é sua própria estrofe. Mova-o de dentro do bloco de script para fora. Veja como provavelmente deve ser:
description "watch folder service"
author "Jonathan Topf"
start on startup
stop on shutdown
respawn
respawn limit 99 5
chdir /home/jon/Dropbox/Render\ Farm\ 1/appleseed/bin
script
exec /usr/bin/python ./watchfolder.py ../../data/
echo "watch_folder started"
end script